虫については分かりませんが、殺虫剤（私はオルトラン粒状を撒いてます）を使用してみてはどうでしょう。
根は虫喰いというより根腐れように見えます。根の付け根だった所が黒くなってる部分が見えますが、黒い部分は無くなるまで取り除きます（進行するので）殺菌剤（私はホーマイ）を塗って数日乾かせてから普通に植え付けます（私は水苔を使った事は無いですがやってる人も多い様なので大丈夫と思います）。暫くは棚下などの明るい日陰に置きます。水遣りは２週間とか経ってからの方がいいのかな？根が出てから？（私は即やりますが推奨では無いでしょうから）
それほど重症ではなさそうなので大丈夫だと思います。仔が2つほど見えてますが保険用に外しておくと良いかと。