「Aは自家不和合性の遺伝子であるときAB×ACの組み合わせで生じる種子の遺伝子はB×Cになる。」
どこの情報か判りませんが、これが事実であればＡと言う個体は一代限りで消滅することになります。よって事実ではないというよりは、何かの情報が欠落しているものと考えられます。
原種Ａと原種Ａ’（仮名）とかけ合わせれば受粉するので生き残ることが出来ています。
当然ＡとＡ’の遺伝子は同じ（ほぼ）な訳で、それでＡは後世に存在できます。
それにＢ，Ｃが交配しているものを合わせればＡＡ，ＡＢ，ＡＣ，ＢＣのいずれかの系統が生まれます。
ただし，現状の苗は100％ピュアな個体はほぼ存在してないでしょう。よって遺伝子の勉強してもほぼ意味ない事だと思います。交配したものを選別する作業が中心となりますので、小苗でどこまで予想できるかを磨くべきでしょう。そうしないとすべて親株まで育てなければなくなりますから大変ですよ。
ちなみにハオルチアは基本自家受粉しないとされてますが、品種によってはわずかながらするものもあります。